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最終更新日：2024年5月30日
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学校給食の安全・安心の向上のため、使用食材の各種検査を実施しています。
玄米は（公財）兵庫県スポーツ協会兵庫県学校給食・食育支援センターを通じて、全量神戸市内産（主に「きぬむすめ」を使用）を確保しています。
同センターでは年3回の残留農薬検査やDNA検査、カドミウム検査、鮮度検査を行っています。
また、炊飯後の米飯も、（一財）神戸市学校給食会で細菌検査を実施しています。
小麦は、（公財）兵庫県スポーツ協会兵庫県学校給食・食育支援センターを通じて県下の給食用小麦（アメリカ・カナダ産準1等粉）を調達し、同センターでは、年3回の小麦の残留農薬検査を実施しています。
また、出来上がったパンも、（一財）神戸市学校給食会で細菌検査（一般細菌数・大腸菌群数）を実施しています。
| 実施主体 | 供給者 | 検査項目 |
| （一財）神戸市学校給食会 | パン業者 | 細菌検査 |
| （公財）兵庫県スポーツ協会 | 全農兵庫 | 残留農薬・DNA・カドミウム・鮮度検査 |
| （公財）兵庫県スポーツ協会 | 製粉会社 | 残留農薬検査 |
学校給食で使用する食材は、（一財）神戸市学校給食会が調達し、細菌、食品添加物、成分、金属類、残留農薬、放射性物質、規格（牛乳のみ）の検査を行っています。
※国は原子力災害対策特別措置法に基づき、食品衛生法では放射性物質の基準値を超えた食品が市場に流通することを禁止しています。
神戸市では、学校給食の異物混入について毎年度お知らせしています。