六甲山頂付近は冷温帯域に属して、ブナ、ミズナラなどが生育し、中腹部では暖温帯域のシイ・カシ林も見られるなど多様な植生が見られます。
丹生山地や大岩岳南部の低山地の有馬層群を中心に、市内には大小多数の湿地があって、トキソウやサギソウに代表される湿地植物群落が形成されていることも大きな特徴です。
西部海岸に残る海浜では、小規模ながらハマヒルガオなどの海浜植物群落も見られます。
下線の引いてある項目については、詳細を紹介したページがあります。
| 群落分類 | 群落名 | 確認地 | 確認場所 | 神戸市ランク |
| 照葉樹林 | アラカシーヒメユズリハ群落 | 東灘区本山町岡本 | 素盞鳴尊神社 | C |
| 照葉樹林 | ヤマモモ群落 | 東灘区本山町北畑 | 保久良神社 | D |
| 照葉樹林 | スダジイ群落 | 灘区摩耶山町 摩耶山 | 摩耶山天上寺 | B |
| 照葉樹林 | アラカシーカゴノキ群落 | 中央区葺合町 | 布引滝 | C |
| 照葉樹林 | スダジイ群落 | 中央区神戸港地方 再度山 | 大龍寺 | A |
| 照葉樹林 | ヒメユズリハーカゴノキ群落 | 須磨区板宿町 | 板宿八幡神社 | D |
| 照葉樹林 | ヒメユズリハーヤマモモ群落 | 須磨区須磨寺町、西須磨 | 須磨寺 | C |
| 照葉樹林 | ウバメガシ群落 | 須磨区西須磨 鉢伏山 | C | |
| 照葉樹林 | ウバメガシ群落 | 須磨区多井畑町宮ノ脇 | 厄除八幡宮 | D |
| 照葉樹林 | ウバメガシ群落 | 垂水区下畑町城ヶ原 | 海神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落・ウバメガシ群落 | 垂水区名谷町奥ノ坊 | 転法輪寺 | C |
| 照葉樹林 | モミーケヤキ群落 | 北区北区山田町坂本 丹生山 | 丹生神社 | C |
| 照葉樹林 | ウラジロガシ群落 | 北区山田町下谷上 | 天彦根神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイーシラカシ群落 | 北区山田町小部北ノ谷 | 杉尾神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイーツクバネガシ群落 | 北区山田町小部松宮山 | 大歳神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区山田町原野火打石 | 八坂神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区山田町福地新池 | 若王子神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区山田町藍那北ノ町 | 藍那八王子宮 | C |
| 照葉樹林 | アラカシーウラジロガシ群落 | 北区大沢町市原 | 豊歳神社 | D |
| 照葉樹林 | スダジイ群落 | 北区大沢町中大沢 | 素盞鳴尊神社 | A |
| 照葉樹林 | シラカシーウラジロガシ群落 | 北区大沢町日西原 | 天満神社 | C |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区淡河町行原 | 大歳神社 | D |
| 照葉樹林 | アラカシ群落 | 北区淡河町行原 | 山平神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区淡河町行原 | 三十八社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区淡河町神影 | 石峰寺 | A |
| 照葉樹林 | アカガシーシイ群落 | 北区淡河町神田 | 素盞鳴(天王)神社 | C |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区淡河町神田 | 八雲神社 | C |
| 照葉樹林 | シラカシ群落 | 北区淡河町南僧尾 | 松尾神社 | D |
| 照葉樹林 | ツクバネガシ群落 | 北区長尾町上津 | 熊野神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区八多町附物 | 八王子神社 | D |
| 照葉樹林 | アカガシ群落 | 北区八多町柳谷 | 八王子神社 | C |
| 照葉樹林 | ツクバネガシーウラジロガシ群落 | 北区有野町有野 | 若宮神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 北区有野町有野 | 有間神社 | A |
| 照葉樹林 | ウラジロガシ群落 | 北区有野町有野 | 五社八幡宮 | C |
| 照葉樹林 | ウラジロガシ群落 | 北区有野町唐櫃 | 山王神社 | C |
| 照葉樹林 | シラカシーウラジロガシ群落 | 北区有野町唐櫃 | 山王神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落・ウバメガシ群落 | 西区伊川谷町前開五味ヶ平 | 太山寺 | A |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 西区伊川谷町布施畑大湯 | 大歳神社 | D |
| 照葉樹林 | ツブラジイ群落 | 西区櫨谷町谷□真谷 | 如意寺 | D |
| 照葉夏緑混交林 | クスノキームクノキ群落 | 東灘区御影郡家石野 | 香雪美術館 | C |
| 照葉夏緑混交林 | クスノキームクノキ群落 | 灘区八幡町 | 六甲八幡神社 | C |
| 照葉夏緑混交林 | クスノキームクノキ群落 | 中央区多聞通 | 湊川神社 | D |
| 夏緑樹林 | ブナ群落 | 北区有馬町 六甲山 | 六甲山山頂 | A |
| 夏緑樹林 | ヘラノキ群落 | 北区山田町原野西脇山 | 原野 | A |
| 湿地植生 | 湿地植物群落 | 北区道場町生野 | 川下川ダム付近 | C |
| 湿地植生 | 湿地植物群落 | 北区山田町与左衛門新田 | 鰻ノ手池周辺谷部 | C |
| 湿地植生 | 湿地植物群落 | 北区淡河町野瀬 | 中山大杣池 | A |
| 湿地植生 | 湿地植物群落 | 北区淡河町野瀬 | 天保池 | B |
| 湿地植生 | 湿地植物群落 | 西区神出町古神 | 金棒池 | B |
| 池沼植生 | オニバス群落 | 西区神出町田井 | 和合成池、長池 | A |
| 池沼植生 | ヨシ群落 | 西区岩岡町岩岡 | 龍ヶ池 | D |
| 海浜植生 | 海浜植物群落 | 須磨区一ノ谷町・須磨浦通 | 須磨浦 | B |
| 海浜植生 | 海浜植物群落 | 垂水区西舞子 | 西舞子海岸 | D |
| 岩上植生 | 岩上植物群落 | 北区道場町生野 | 武庫川渓谷 | A |
| 草地植生 | ススキーネザサ群落 | 神戸市東灘区本山町森 | 東お多福山 | B |
| 草地植生 | ススキーネザサ群落 | 北区山田町藍那 | 水田周辺 | B |
| 草地植生 | ススキーネザサ群落 | 北区山田町中 | 水田畦畔草地 | D |
| 草地植生 | ススキーネザサ群落 | 北区山田町西下 | 水田畦畔草地 | B |
| 草地植生 | ススキーネザサ群落 | 北区山田町東下 | 水田畦畔草地 | B |
| 草地植生 | メガルカヤーユウスゲ群落 | 西区神出町小束野 | 小束野池 | C |
| その他 | 着生植物個体群 | 中央区葺合町 | 布引滝 | B |
| その他 | 着生植物個体群 | 北区道場町生野 | 生野地区の岩場 | A |
| その他 | 再度山永久植生保存地 | 北区山田町下谷上 再度山 | B |