これまでにシダ植物、種子植物で2396種が確認されています。
六甲山頂付近は冷温帯域に属して、ブナ、ミズナラなどが生育し、中腹部では暖温帯域のシイ・カシ林も見られるなど多様な植生が見られます。
六甲山や丹生山地の山麓部及びその周辺の丘陵地にはアカマツやコナラを主体とした二次林が多く見られますが、十分な里山管理がなされなくなって、環境が変化しつつあります。
河川では、明石川とその周辺地域に絶滅危惧種のタコノアシが見られるものの、市内の多くの河川では外来植物のオランダガラシやオオカワヂシャなどの侵入が顕著です。
また市内には約6000カ所のため池があり、水生及び湿地植物が豊富です。
丹生山地や大岩岳南部の低山地の有馬層群を中心に、市内には大小多数の湿地があって、トキソウやサギソウに代表される湿地植物群落が形成されていることも大きな特徴です。
西部海岸に残る海浜では、小規模ながらハマヒルガオなどの海浜植物群落も見られます。
下表の下線が引いてある生物種については、詳細な解説ページを設けています。
| 科名 | 種和名 | 神戸市ランク | 百選 | 主な生育環境 |
| マツバラン科 | マツバラン | A | 森 草地・岩場 | |
| ヒカゲノカズラ科 | ミズスギ | C | 湿地 | |
| ヒカゲノカズラ科 | ヤチスギラン | 今 | 湿地 | |
| ヒカゲノカズラ科 | マンネンスギ | A | 森 | |
| ミズニラ科 | ミズニラ | C | 選定 | ため池 |
| ハナヤスリ科 | アカハナワラビ | 調 | 森 雑木林 | |
| ハナヤスリ科 | ナツノハナワラビ | B | 森 雑木林 | |
| ハナヤスリ科 | コヒロハハナヤスリ | B | 草地・岩場 | |
| ハナヤスリ科 | ハマハナヤスリ | C | 湿地 草地・岩場 | |
| ハナヤスリ科 | ヒロハハナヤスリ | 調 | 森 雑木林 | |
| ゼンマイ科 | ヤマドリゼンマイ | B | 湿地 | |
| ゼンマイ科 | ヤシャゼンマイ | A | 河川 | |
| コケシノブ科 | ハイホラゴケ | B | 森 | |
| コケシノブ科 | アオホラゴケ | B | 森 | |
| コバノイシカグマ科 | オウレンシダ | B | 森 | |
| コバノイシカグマ科 | イシカグマ | B | 森 | |
| シノブ科 | シノブ | C | 森 | |
| ホウライシダ科 | ハコネシダ | C | 森 草地・岩場 | |
| ホウライシダ科 | ミズワラビ | 調 | 水田・畑 湿地 | |
| ホウライシダ科 | カラクサシダ | B | 森 草地・岩場 | |
| シシラン科 | シシラン | A | 森 草地・岩場 | |
| イノモトソウ科 | アマクサシダ | B | 森 | |
| チャセンシダ科 | カミガモシダ | A | 森 草地・岩場 | |
| チャセンシダ科 | オクタマシダ | A | 森 草地・岩場 | |
| チャセンシダ科 | コウザキシダ | 今 | 森 草地・岩場 | |
| チャセンシダ科 | コタニワタリ | B | 森 | |
| チャセンシダ科 | イワトラノオ | C | 森 草地・岩場 | |
| チャセンシダ科 | イヌチャセンシダ | B | 森 草地・岩場 | |
| シシガシラ科 | オサシダ | B | 森 草地・岩場 | |
| オシダ科 | オオカナワラビ | A | 森 草地・岩場 | |
| オシダ科 | ミヤコヤブソテツ | 調 | 森 | |
| オシダ科 | イワヘゴ | B | 森 | |
| オシダ科 | オシダ | B | 森 | |
| オシダ科 | ギフベニシダ | B | 森 | |
| オシダ科 | ミヤマクマワラビ | B | 森 | |
| オシダ科 | イワイタチシダ | B | 森 | |
| オシダ科 | アツギノヌカイタチシダマガイ | A | 森 | |
| オシダ科 | タニヘゴ | 今 | 森 | |
| オシダ科 | チャボイノデ | A | 森 | |
| オシダ科 | カタイノデ | B | 森 | |
| オシダ科 | ネッコイノデ | 今 | 森 | |
| ヒメシダ科 | イワハリガネワラビ | C | 森 | |
| イワデンダ科 | ウラボシノコギリシダ | 調 | 森 | |
| イワデンダ科 | ハコネシケチシダ | C | 森 雑木林 | |
| イワデンダ科 | ムクゲシケシダ | B | 森 雑木林 | |
| イワデンダ科 | ナチシケシダ | C | 森 雑木林 | |
| イワデンダ科 | ミヤマシケシダ | B | 森 雑木林 | |
| イワデンダ科 | ヒカゲワラビ | 調 | 森 | |
| イワデンダ科 | ノコギリシダ | C | 森 | |
| イワデンダ科 | エビラシダ | A | 森 草地・岩場 | |
| イワデンダ科 | フクロシダ | A | 森 草地・岩場 | |
| ウラボシ科 | ミヤマノキシノブ | 今 | 森 草地・岩場 | |
| ウラボシ科 | クリハラン | B | 森 | |
| ウラボシ科 | アオネカズラ | 今 | 森 雑木林 | |
| ウラボシ科 | ビロードシダ | B | 森 雑木林 | |
| ヒメウラボシ科 | オオクボシダ | A | 森 | |
| デンジソウ科 | デンジソウ | A | 選定 | 水田・畑 湿地 |
| サンショウモ科 | サンショウモ | A | 選定 | ため池 |
| クルミ科 | サワグルミ | 調 | 森 | |
| カバノキ科 | サクラバハンノキ | B | 森 | |
| カバノキ科 | ミズメ | C | 森 | |
| ブナ科 | ブナ | B | 選定 | 森 |
| ブナ科 | ナラガシワ(アオナラガシワ含む) | C | 森 雑木林 | |
| ブナ科 | カシワ | 調 | 雑木林 | |
| ニレ科 | コバノチョウセンエノキ | C | 森 草地・岩場 | |
| クワ科 | ヒメイタビ | C | 森 草地・岩場 | |
| ヤドリギ科 | ヤドリギ | C | 森 | |
| タデ科 | サイコクヌカボ | A | 水田・畑 湿地 ため池 | |
| タデ科 | ナガバノウナギツカミ | 今 | 水田・畑 湿地 ため池 | |
| ヤマゴボウ科 | マルミノヤマゴボウ | B | 森 | |
| ツルナ科 | ツルナ | C | 海辺 | |
| ナデシコ科 | カワラナデシコ | C | 草地・岩場 | |
| ナデシコ科 | オオヤマハコベ | C | 森 | |
| アカザ科 | オカヒジキ | C | 海辺 | |
| モクレン科 | オガタマノキ | A | 森 | |
| マツブサ科 | マツブサ | C | 森 雑木林 | |
| ヤマグルマ科 | ヤマグルマ | C | 森 | |
| キンポウゲ科 | イブキトリカブト | 今 | 森 | |
| キンポウゲ科 | タンナトリカブト | 調 | 森 | |
| キンポウゲ科 | ユキワリイチゲ | B | 森 | |
| キンポウゲ科 | イチリンソウ | B | 森 | |
| キンポウゲ科 | イヌショウマ | B | 森 | |
| キンポウゲ科 | ミスミソウ(スハマソウ、ケスハマソウ含む) | A | 選定 | 雑木林 |
| キンポウゲ科 | オキナグサ | A | 草地・岩場 | |
| キンポウゲ科 | オトコゼリ | A | 水田・畑 河川 | |
| キンポウゲ科 | ヒキノカサ | 調 | 草地・岩場 湿地 | |
| キンポウゲ科 | シギンカラマツ | A | 草地・岩場 | |
| メギ科 | トキワイカリソウ | C | 森 雑木林 | |
| ツヅラフジ科 | ツヅラフジ | B | 森 | |
| スイレン科 | オニバス | A | 選定 | ため池 |
| スイレン科 | サイコクヒメコウホネ | B | ため池 | |
| ドクダミ科 | ハンゲショウ | B | ため池 湿地 | |
| コショウ科 | フウトウカズラ | 調 | 森 | |
| ウマノスズクサ科 | フタバアオイ | A | 森 雑木林 | |
| ウマノスズクサ科 | ヒメカンアオイ | C | 森 雑木林 | |
| ボタン科 | ケナシベニバナヤマシャクヤク | A | 森 雑木林 | |
| マタタビ科 | サルナシ | 調 | 森 雑木林 | |
| ツバキ科 | ナツツバキ | C | 森 | |
| オトギリソウ科 | オオトモエソウ | 調 | 草地・岩場 | |
| オトギリソウ科 | アゼオトギリ | 今 | 水田・畑 草地・岩場 | |
| オトギリソウ科 | ミズオトギリ | B | ため池 湿地 | |
| モウセンゴケ科 | イシモチソウ | B | 湿地 | |
| モウセンゴケ科 | コモウセンゴケ | C | 湿地 | |
| ケシ科 | ジロボウエンゴサク | B | 森 雑木林 | |
| ケシ科 | キケマン | C | 草地・岩場 | |
| アブラナ科 | タチスズシロソウ | 今 | 草地・岩場 | |
| アブラナ科 | ミズタガラシ | B | 湿地 | |
| アブラナ科 | ミチバタガラシ | B | 街 | |
| マンサク科 | コウヤミズキ | A | 森 | |
| ベンケイソウ科 | アオベンケイソウ | 調 | 草地・岩場 | |
| ベンケイソウ科 | ツメレンゲ | C | 草地・岩場 | |
| ベンケイソウ科 | マルバマンネングサ | C | 草地・岩場 | |
| ベンケイソウ科 | ウンゼンマンネングサ | A | 草地・岩場 | |
| ユキノシタ科 | ハナネコノメ | B | 森 | |
| ユキノシタ科 | タチネコノメソウ | B | 森 | |
| ユキノシタ科 | マルバウツギ | C | 森 雑木林 草地・岩場 | |
| ユキノシタ科 | ウメバチソウ | B | 選定 | 水田・畑 湿地 草地・岩場 |
| ユキノシタ科 | タコノアシ | C | 選定 | 河川 湿地 |
| バラ科 | ズミ | 調 | 湿地 | |
| バラ科 | カワラサイコ | 調 | 河川 | |
| バラ科 | イワキンバイ | A | 森 草地・岩場 | |
| バラ科 | ツチグリ | B | 草地・岩場 | |
| バラ科 | テリハキンバイ | B | 森 草地・岩場 | |
| バラ科 | ツルキンバイ | A | 森 草地・岩場 | |
| バラ科 | モリイバラ | C | 森 | |
| バラ科 | マヤクサイチゴ | B | 森 | |
| バラ科 | バライチゴ | B | 森 | |
| バラ科 | オオフユイチゴ | 調 | 森 | |
| マメ科 | フジキ | C | 森 | |
| マメ科 | タヌキマメ | B | 草地・岩場 | |
| マメ科 | ミソナオシ | 調 | 森 | |
| マメ科 | ミヤマトベラ | A | 森 | |
| マメ科 | ニワフジ | 調 | 草地・岩場 | |
| マメ科 | イヌハギ | B | 草地・岩場 | |
| マメ科 | マキエハギ | B | 草地・岩場 | |
| マメ科 | ツルフジバカマ | A | 選定 | 草地・岩場 |
| マメ科 | オオバクサフジ | B | 草地・岩場 | |
| カタバミ科 | エゾタチカタバミ | 調 | 草地・岩場 | |
| ハマビシ科 | ハマビシ | 今 | 海辺 | |
| トウダイグサ科 | ノウルシ | 調 | 水田・畑 ため池 湿地 | |
| トウダイグサ科 | タカトウダイ | B | 雑木林 草地・岩場 | |
| ヒメハギ科 | カキノハグサ | B | 森 雑木林 | |
| ヒメハギ科 | ヒナノカンザシ | B | 湿地 | |
| カエデ科 | カジカエデ | A | 森 | |
| カエデ科 | ヒナウチワカエデ | C | 森 | |
| ムクロジ科 | ムクロジ | B | 森 | |
| モチノキ科 | フウリンウメモドキ | B | 森 | |
| モチノキ科 | タマミズキ | C | 森 | |
| モチノキ科 | クロソヨゴ | C | 森 | |
| ミツバウツギ科 | ミツバウツギ | C | 森 | |
| ツゲ科 | フッキソウ | B | 森 雑木林 | |
| クロウメモドキ科 | オオクマヤナギ | C | 森 | |
| シナノキ科 | ヘラノキ | A | 選定 | 雑木林 |
| グミ科 | アリマグミ | C | 選定 | 森 雑木林 |
| ウリ科 | ゴキヅル | C | ため池 河川 | |
| ミソハギ科 | ヒメミソハギ | B | 水田・畑 | |
| ミソハギ科 | ミズマツバ | B | 水田・畑 | |
| ヒシ科 | オニビシ | C | ため池 | |
| アリノトウグサ科 | オグラノフサモ | C | ため池 | |
| アリノトウグサ科 | タチモ | C | ため池 湿地 | |
| アリノトウグサ科 | フサモ | B | ため池 | |
| セリ科 | ノダケ | B | 草地・岩場 | |
| セリ科 | ミシマサイコ | A | 選定 | 草地・岩場 |
| セリ科 | ドクゼリ | 今 | ため池 湿地 河川 | |
| セリ科 | ハマボウフウ | 調 | 選定 | 海辺 |
| セリ科 | イブキボウフウ | C | 草地・岩場 | |
| セリ科 | カワラボウフウ | C | 草地・岩場 | |
| セリ科 | ムカゴニンジン | C | 湿地 | |
| セリ科 | カノツメソウ | A | 森 | |
| イチヤクソウ科 | ウメガサソウ | C | 森 雑木林 | |
| イチヤクソウ科 | シャクジョウソウ | B | 森 雑木林 | |
| イチヤクソウ科 | マルバノイチヤクソウ | A | 森 | |
| ツツジ科 | イワナシ | 今 | 森 雑木林 | |
| ツツジ科 | ホンシャクナゲ | A | 森 草地・岩場 | |
| ツツジ科 | サツキ | A | 選定 | 草地・岩場 河川 |
| ツツジ科 | ヒカゲツツジ | B | 森 草地・岩場 | |
| ツツジ科 | ダイセンミツバツツジ | 調 | 森 | |
| ツツジ科 | ユキグニミツバツツジ | C | 森 | |
| ツツジ科 | シロヤシオ(ゴヨウツツジ) | B | 森 | |
| ヤブコウジ科 | イズセンリョウ | C | 森 | |
| ヤブコウジ科 | タイミンタチバナ | B | 森 | |
| カキノキ科 | トキワガキ | A | 森 | |
| マチン科 | ホウライカズラ | B | 森 | |
| マチン科 | アイナエ | 今 | 湿地 | |
| リンドウ科 | イヌセンブリ | B | 湿地 | |
| リンドウ科 | ムラサキセンブリ | A | 草地・岩場 | |
| ミツガシワ科 | ヒメシロアサザ | 今 | 水田・畑 ため池 湿地 | |
| ミツガシワ科 | ガガブタ | C | 選定 | ため池 |
| ミツガシワ科 | アサザ | 今 | ため池 | |
| ガガイモ科 | フナバラソウ | A | 草地・岩場 | |
| ガガイモ科 | クサナギオゴケ | A | 森 | |
| ガガイモ科 | タチカモメヅル | C | 草地・岩場 | |
| ガガイモ科 | スズサイコ | C | 草地・岩場 | |
| ガガイモ科 | キジョラン | A | 森 | |
| ガガイモ科 | コカモメヅル | C | 草地・岩場 | |
| アカネ科 | オオアリドオシ | A | 森 | |
| アカネ科 | ホソバオオアリドオシ | A | 森 | |
| アカネ科 | オヤマムグラ | C | 森 | |
| アカネ科 | サツマイナモリ | 調 | 森 | |
| アカネ科 | イナモリソウ | C | 森 雑木林 | |
| アカネ科 | シロバナイナモリソウ | 今 | 森 雑木林 | |
| アカネ科 | カギカズラ | A | 森 | |
| ヒルガオ科 | アオイゴケ | 調 | 草地・岩場 | |
| ムラサキ科 | オニルリソウ | B | 森 | |
| ムラサキ科 | ムラサキ | 調 | 草地・岩場 | |
| シソ科 | タニジャコウソウ | 今 | 森 | |
| シソ科 | ミヤマトウバナ | 調 | 森 | |
| シソ科 | キセワタ | 今 | 草地・岩場 | |
| シソ科 | ヤマジソ | 調 | 草地・岩場 | |
| シソ科 | トラノオジソ | 調 | 森 | |
| シソ科 | キバナアキギリ | B | 森 | |
| シソ科 | イガタツナミソウ | C | 森 | |
| シソ科 | ヤマタツナミソウ | C | 森 | |
| シソ科 | ミヤマナミキ | B | 森 | |
| ナス科 | ヤマホオズキ | A | 選定 | 森 雑木林 |
| ナス科 | ヤマホロシ | C | 森 | |
| フジウツギ科 | フジウツギ | C | 森 草地・岩場 | |
| ゴマノハグサ科 | ゴマクサ | A | 湿地 | |
| ゴマノハグサ科 | アブノメ | B | 水田・畑 湿地 | |
| ゴマノハグサ科 | シソクサ | B | 水田・畑 湿地 | |
| ゴマノハグサ科 | ウンラン | 今 | 海辺 | |
| ゴマノハグサ科 | シオガマギク | 今 | 草地・岩場 | |
| ゴマノハグサ科 | ゴマノハグサ | A | 草地・岩場 | |
| ゴマノハグサ科 | ヒキヨモギ | C | 草地・岩場 | |
| ゴマノハグサ科 | イヌノフグリ | C | 草地・岩場 街 | |
| ゴマノハグサ科 | カワヂシャ | B | 湿地 河川 | |
| キツネノマゴ科 | オギノツメ | C | 水田・畑 湿地 | |
| ハマウツボ科 | オオナンバンギセル | B | 草地・岩場 | |
| ハマウツボ科 | キヨスミウツボ | B | 選定 | 森 雑木林 |
| タヌキモ科 | ノタヌキモ | B | ため池 | |
| タヌキモ科 | イトタヌキモ(ミカワタヌキモ) | A | ため池 湿地 | |
| タヌキモ科 | ヒメタヌキモ | B | ため池 湿地 | |
| タヌキモ科 | ムラサキミミカキグサ | B | 湿地 | |
| スイカズラ科 | オオツクバネウツギ | C | 森 | |
| スイカズラ科 | キンキヒョウタンボク | 調 | 選定 | 森 雑木林 |
| スイカズラ科 | ゴマギ | 調 | 森 | |
| スイカズラ科 | ヤマシグレ | C | 森 | |
| スイカズラ科 | ニシキウツギ | 調 | 森 草地・岩場 | |
| マツムシソウ科 | マツムシソウ | A | 草地・岩場 | |
| キキョウ科 | サワギキョウ | C | ため池 湿地 | |
| キキョウ科 | キキョウ | B | 草地・岩場 | |
| キク科 | テイショウソウ | C | 選定 | 森 雑木林 |
| キク科 | ホソバノヤマハハコ | 今 | 草地・岩場 | |
| キク科 | ヒメヨモギ | B | 草地・岩場 | |
| キク科 | ヒメシオン | A | 草地・岩場 | |
| キク科 | ヤマジノギク | B | 草地・岩場 | |
| キク科 | オケラ | C | 草地・岩場 | |
| キク科 | タウコギ | 今 | 水田・畑 湿地 | |
| キク科 | コバナガンクビソウ | 調 | 森 | |
| キク科 | ミヤマヤブタバコ | 調 | 森 | |
| キク科 | モリアザミ | A | 草地・岩場 | |
| キク科 | シマカンギク | B | 草地・岩場 | |
| キク科 | ノジギク | A | 海辺 | |
| キク科 | フジバカマ | 調 | 河川 | |
| キク科 | ヒヨドリバナ(2倍体) | C | 草地・岩場 | |
| キク科 | アキノハハコグサ | 調 | 草地・岩場 | |
| キク科 | オグルマ | B | 草地・岩場 | |
| キク科 | カセンソウ | B | 草地・岩場 湿地 | |
| キク科 | タカサゴソウ | A | 草地・岩場 | |
| キク科 | オタカラコウ | C | 湿地 | |
| キク科 | ハンカイソウ | B | 湿地 | |
| キク科 | モミジガサ | C | 森 | |
| キク科 | ウスゲタマブキ | C | 森 | |
| キク科 | ミヤマコウモリソウ | A | 森 | |
| キク科 | ナガバノコウヤボウキ | C | 森 雑木林 | |
| キク科 | カシワバハグマ | B | 森 雑木林 | |
| キク科 | フクオウソウ | B | 森 | |
| キク科 | ホクチアザミ | A | 草地・岩場 | |
| キク科 | ミヤコアザミ | 調 | 草地・岩場 | |
| キク科 | キクアザミ | B | 草地・岩場 | |
| キク科 | コウリンカ | 今 | 湿地 | |
| キク科 | オカオグルマ | B | 草地・岩場 | |
| キク科 | サワオグルマ | B | 水田・畑 湿地 | |
| キク科 | アオヤギバナ | A | 草地・岩場 | |
| キク科 | ヤブレガサモドキ | A | 選定 | 草地・岩場 |
| キク科 | ハバヤマボクチ | A | 草地・岩場 | |
| キク科 | オナモミ | 今 | 草地・岩場 湿地 | |
| オモダカ科 | マルバオモダカ | A | ため池 | |
| オモダカ科 | アギナシ | B | 水田・畑 湿地 | |
| トチカガミ科 | マルミスブタ | A | 水田・畑 ため池 | |
| トチカガミ科 | スブタ | B | 水田・畑 ため池 | |
| トチカガミ科 | ヤナギスブタ | C | 水田・畑 ため池 | |
| トチカガミ科 | トチカガミ | 今 | ため池 | |
| トチカガミ科 | ミズオオバコ | C | 選定 | 水田・畑 湿地 |
| ヒルムシロ科 | コバノヒルムシロ | B | 水田・畑 ため池 | |
| ヒルムシロ科 | イトモ | B | ため池 | |
| イバラモ科 | ムサシモ | 今 | ため池 | |
| イバラモ科 | サガミトリゲモ | B | 水田・畑 ため池 | |
| イバラモ科 | イトトリゲモ | C | 水田・畑 ため池 | |
| イバラモ科 | オオトリゲモ | C | 水田・畑 ため池 | |
| ホンゴウソウ科 | ホンゴウソウ | A | 森 | |
| ホンゴウソウ科 | ウエマツソウ | A | 森 | |
| ユリ科 | アマナ | C | 草地・岩場 | |
| ユリ科 | キジカクシ | B | 草地・岩場 | |
| ユリ科 | カタクリ | 今 | 森 雑木林 | |
| ユリ科 | ミノコバイモ | 今 | 草地・岩場 | |
| ユリ科 | ユウスゲ | B | 選定 | 草地・岩場 |
| ユリ科 | カンザシギボウシ | C | 草地・岩場 | |
| ユリ科 | キヨスミギボウシ | B | 草地・岩場 | |
| ユリ科 | ヒメユリ | 調 | 草地・岩場 | |
| ユリ科 | コオニユリ | B | 草地・岩場 | |
| ユリ科 | コヤブラン | B | 森 雑木林 | |
| ユリ科 | ノシラン | B | 森 | |
| ユリ科 | ユキザサ | B | 森 | |
| ユリ科 | ヤマカシュウ | C | 森 | |
| ユリ科 | ホソバシュロソウ | B | 森 雑木林 | |
| アヤメ科 | ノハナショウブ | B | 湿地 | |
| アヤメ科 | カキツバタ | 調 | 湿地 | |
| アヤメ科 | アヤメ | 調 | 草地・岩場 | |
| ヒナノシャクジョウ科 | ヒナノシャクジョウ | A | 森 雑木林 | |
| ヒナノシャクジョウ科 | ヒナノボンボリ | 今 | 森 雑木林 | |
| イグサ科 | イヌイ | 調 | 海辺 | |
| ホシクサ科 | オオホシクサ | B | 湿地 | |
| ホシクサ科 | ホシクサ | B | 湿地 | |
| ホシクサ科 | ヒロハイヌノヒゲ | C | 水田・畑 湿地 | |
| ホシクサ科 | ツクシクロイヌノヒゲ | C | ため池 湿地 | |
| イネ科 | ダンチク | C | 河川 海辺 | |
| イネ科 | コウヤザサ | C | 森 | |
| イネ科 | ホッスガヤ | C | 湿地 | |
| イネ科 | ヒナザサ | C | 湿地 | |
| イネ科 | ヌマカゼクサ | C | ため池 湿地 | |
| イネ科 | ウンヌケモドキ | B | 草地・岩場 | |
| イネ科 | ヒロハノドジョウツナギ | A | 湿地 | |
| イネ科 | コウボウ | C | 河川 海辺 | |
| イネ科 | アズマガヤ | C | 湿地 河川 | |
| イネ科 | テンキグサ | 調 | 海辺 | |
| イネ科 | ミチシバ | 調 | 森 | |
| イネ科 | ミヤマネズミガヤ | 調 | 森 | |
| イネ科 | タチネズミガヤ | C | 森 | |
| イネ科 | ヒロハノコヌカグサ | 調 | 森 | |
| イネ科 | アリマコスズ | 調 | 森 | |
| イネ科 | タキキビ | 今 | 草地・岩場 | |
| イネ科 | モロコシガヤ | B | 草地・岩場 | |
| イネ科 | ヒゲシバ | C | 湿地 | |
| サトイモ科 | ホソバテンナンショウ | C | 森 雑木林 | |
| サトイモ科 | ムロウマムシグサ | C | 森 雑木林 | |
| サトイモ科 | ハリママムシグサ | B | 選定 | 森 雑木林 |
| サトイモ科 | アオオニテンナンショウ | 調 | 森 雑木林 | |
| サトイモ科 | ムサシアブミ | B | 森 雑木林 | |
| サトイモ科 | ユキモチソウ | A | 森 雑木林 | |
| サトイモ科 | オオマムシグサ | 調 | 森 雑木林 | |
| ミクリ科 | ヤマトミクリ | A | ため池 湿地 | |
| ミクリ科 | ナガエミクリ | B | 選定 | 河川 ため池 |
| ミクリ科 | ヒメミクリ | B | ため池 湿地 | |
| ガマ科 | コガマ | B | 水田・畑 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | ベニイトスゲ | C | 雑木林 | |
| カヤツリグサ科 | オオナキリスゲ | C | 草地・岩場 | |
| カヤツリグサ科 | ヤマジスゲ | C | 草地・岩場 | |
| カヤツリグサ科 | コゴメスゲ | C | 海辺 | |
| カヤツリグサ科 | コウボウムギ | B | 海辺 | |
| カヤツリグサ科 | ヒメミコシガヤ | A | 選定 | 水田・畑 草地・岩場 |
| カヤツリグサ科 | ヤガミスゲ | 調 | 湿地 河川 | |
| カヤツリグサ科 | カタスゲ | 調 | 森 雑木林 草地・岩場 | |
| カヤツリグサ科 | イソアオスゲ | B | 海辺 | |
| カヤツリグサ科 | フサスゲ | B | 海辺 | |
| カヤツリグサ科 | ツルミヤマカンスゲ | B | 森 雑木林 | |
| カヤツリグサ科 | アワボスゲ | B | 水田・畑 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | マメスゲ | B | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | オオタマツリスゲ | C | 森 雑木林 | |
| カヤツリグサ科 | サトヤマハリスゲ | B | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | フサナキリスゲ | C | 河川 | |
| カヤツリグサ科 | ヒトモトススキ | B | 海辺 | |
| カヤツリグサ科 | シロガヤツリ | B | ため池 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | セイタカハリイ | C | ため池 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | ヤリハリイ | C | ため池 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | イソヤマテンツキ | 調 | 海辺 | |
| カヤツリグサ科 | アンペライ | 今 | ため池 | |
| カヤツリグサ科 | ミカヅキグサ | C | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | トラノハナヒゲ | A | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | オオイヌノハナヒゲ | C | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | エゾアブラガヤ | B | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | マツカサススキ | B | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | フトイ | C | ため池 | |
| カヤツリグサ科 | シズイ | A | ため池 | |
| カヤツリグサ科 | カガシラ | B | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | ミカワシンジュガヤ | B | 湿地 | |
| カヤツリグサ科 | ケシンジュガヤ(マネキシンジュガヤ) | C | 湿地 | |
| ラン科 | ヒナラン | B | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | シラン | 調 | 草地・岩場 | |
| ラン科 | マメヅタラン | B | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | ムギラン | C | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | エビネ | C | 選定 | 森 雑木林 |
| ラン科 | ギンラン | C | 森 雑木林 | |
| ラン科 | キンラン | C | 森 雑木林 | |
| ラン科 | ササバギンラン | A | 森 雑木林 | |
| ラン科 | サイハイラン | C | 森 雑木林 | |
| ラン科 | マヤラン | A | 森 雑木林 | |
| ラン科 | セッコク | A | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | カキラン | C | 選定 | 草地・岩場 湿地 |
| ラン科 | オニノヤガラ | C | 森 雑木林 | |
| ラン科 | アケボノシュスラン | B | 森 雑木林 | |
| ラン科 | サギソウ | B | 湿地 | |
| ラン科 | ミズトンボ | C | 湿地 | |
| ラン科 | ムカゴソウ | 今 | 湿地 | |
| ラン科 | ムヨウラン | C | 森 雑木林 | |
| ラン科 | ジガバチソウ | C | 森 | |
| ラン科 | アオフタバラン | A | 森 | |
| ラン科 | フウラン | A | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | ヨウラクラン | A | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | ウチョウラン | A | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | ジンバイソウ | 調 | 森 | |
| ラン科 | ヤマサギソウ | C | 草地・岩場 | |
| ラン科 | コバノトンボソウ | C | 湿地 | |
| ラン科 | トキソウ | C | 湿地 | |
| ラン科 | ヤマトキソウ | C | 湿地 | |
| ラン科 | カヤラン | 今 | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | クモラン | B | 森 草地・岩場 | |
| ラン科 | ヒトツボクロ | B | 雑木林 |