かけがえのない文化財を後世に末永く伝えていくのも、博物館の大切な使命のひとつです。文化財を脅かすものは天災・人災ばかりではなく、特に温暖多湿な日本は害虫や菌類による生物被害も深刻です。
　神戸市立博物館はこれらから文化財資料を守るための設備を整えるともに、ＩＰＭ（総合的有害生物管理）の手法を積極的に導入し、収蔵・展示環境の監視と管理を日常的に行い、理想的な文化財保存環境の維持に努めています。
　また、収蔵ばかりでなく展示に耐えられる状態にするため、必要な文化財には補修も適宜おこなっています

専用の収蔵庫

　脆弱な素材でできた文化財資料を保管する収蔵庫は、自然災害の影響を受けにくい位置に設置されており、1995年の大震災の際も収蔵文化財の破損をごく僅少に押さえました。

作品収納の工夫

　1995年の大震災は、収蔵資料の収納方法についても、再考をうながすこととなりました。地震ばかりでなく、温湿度変化や虫菌害から文化財を守るため、たとえ収蔵庫内であっても、なんらかの箱や帙（ちつ）を作成し収納することを心がけています。

展示環境の整備

　貴重な文化財を公開する展示室についても、収蔵庫と同様の文化財保存のノウハウを適用しています。展示ケースは密閉式で、適正な温湿度で一定に保たれます。照明は紫外線を出さない特殊仕様の電球を使用。定期的な清掃や生物環境調査など、害虫発生も未然に防いでいます。
　※文化財の損傷・劣化を最小限に抑えるため、所蔵文化財の展示については期間を限定しています。

環境モニタリング

　収蔵庫では温湿度チェックとともに、50個以上の粘着トラップ（捕虫器）を常時配置し、毎月虫類の発生の有無を監視しています。これとあわせて、毎年温暖期に２回、館内全域を対象に、フェロモントラップやエア・サンプラなどによる生物環境調査を実施。問題箇所発見時には迅速に殺虫・燻蒸処理などを行います。

受入文化財の殺虫・殺菌処理

　
　購入・寄贈・寄託などにより、博物館には多くの文化財が新規に納入されます。これらには虫菌類の付着が懸念され、そのまま収蔵庫に入れることはできません。当館では専用の燻蒸装置を用いて殺虫殺菌処理を行った後に、はじめて収蔵庫に納入しています。また燻蒸処理に適さない文化財については特殊樹脂袋への密閉・脱酸素処理なども適宜行います。

文化財の補修

　博物館の所蔵文化財は、収蔵庫の中でだけ保管されるばかりではなく、展示などで広く公開されなければなりません。しかし、文化財の展示ではそれら自体に物理的・化学的な負担がかかるため、これに耐えられる状態に、個々の文化財の状態を整えておく必要があります。当館では適宜収蔵文化財の補修を行っています
（※専門業者に委託して実施）。